Nach dem Zweiten Weltkrieg gründeten junge Mitglieder der dezentral entstandenen christlich-demokratischen Gruppierungen als Vertretung der Jugend die JU. Es waren anfangs vor allem ehemalige Kriegsteilnehmer, die sich in Universitätsstädten zu Arbeitskreisen zusammenfanden. Auf dem ersten Deutschlandtreffen vom 17. bis 21. Januar 1947 in Königstein im Taunus wurde der Bundesverband gegründet. Die JU strebte wie die Mutterparteien an, Christen beider Konfessionen innerhalb einer politischen Organisation zu vereinigen. Obwohl bei ihrem zweiten Deutschlandtreffen in Berlin auch Vertreter aus Ostdeutschland teilnahmen, stellte die JU 1948 in der sowjetischen Besatzungszone ihre Arbeit aufgrund der massiven Verfolgung und Gängelung ihrer Mitglieder ein. Als Folge des einsetzenden Kalten Krieges blieb die JU eine auf Westdeutschland beschränkte Jugendorganisation.

Im März 1950 gab sich die JU mit den "Würzburger Beschlüssen" das erste gemeinsame Programm. In ihm nahm sie unter anderem Bezug auf das Christentum als Grundlage zur Erneuerung des geistigen und kulturellen Lebens und forderte die Wiedervereinigung Deutschlands in seinen historischen Grenzen. Außerdem befürwortete sie die Einführung des Persönlichkeitswahlrechts. In der Europapolitik sprach sich die JU bereits früh für einen Zusammenschluss der europäischen Staaten aus. Sie vertrat diese Forderung unter anderem seit 1948 auf mehreren Treffen der Jugendsektion der Nouvelles Équipes Internationales (NEI). Auf dem Gründungsparteitag der Bundes-CDU 1950 in Goslar erkannte diese die JU in ihrem Statut als selbständige Vertretung der Jugend innerhalb der Partei an. Im darauffolgenden Jahr gab sich die JU ihre erste eigene Satzung.